Die Melanchthon-Apotheke Wittenberg befindet sich im Ortsteil Piesteritz an der B 187 (Dessauer Str.166). Von der Innenstadt kommend, ist sie rechts am Eingang zur Werkssiedlung. Dies ist nach der einzigen Piesteritzer Ampelkreuzung in Richtung Coswig die zweite Querstrasse auf der rechten Seite.
Von Coswig kommend, ist die Melanchthon-Apotheke linkerhand gegenüber vom ehemaligen Hotel "Klabauterman" (An der Ampelkreuzung ist man bereits zu weit!)